首先到日本读研和哪个专业没有特别关系、基本就是一下两个方式：

1、在国内联系导师办理研究生、也就是大学院旁听生，之后参加大学院入学考试、合格后读硕士。重要的是日语、英语和研究计划书。

2、去语言学校过渡后，不必再经过研究生阶段、可以直接考大学院读硕士。

以上不管哪个方式，其实都是过渡而已、到时候都是同样参加大学院的入学考试、通过后读修士，也就是真正的硕士。

研究生相对好处在于、提前知道去哪所大学、如果和导师相处很好、那么通过笔试后相对有利。坏处在于、1、办理费用高、和学费加起来是语言学校的1.5倍以上。2、如果自己自学能力比较差、或者万一和导师相处不好，基本肯定考不取。反而之后只能去差的大学或者重新读语言学校。

所以目前题主可以1、安心学好专业 2、日语继续提升 3、以后要考名校的话、那么建议准备托福 4、等大三结束的时候、看自己的实际情况选择哪个方式，准备留学具体申请事宜。

不要担心学校和专业的问题。先搞好日语和英语，整出成绩来后面的事情就是事在人为。

日本的考研选专业的话，目前对题主来说，选理工科类的会比较好。一方面语言要求没那么高，语言方面的压力会小一点。另外比较好就业。如果对数学比较有信心的话，可以选cs，ee。如果对数学比较没信心可以考虑经营工学。

学校方面，多所旧帝大和强势私立都可以考虑。