清朝前期财政收入，主要来自田赋（地丁银）、盐税、关税、矿税、茶税等。其中田赋是清前期的主要财政收入来源，长期占总财政收入的61%-88%之间。受重农抑商思想影响，清朝统治者不太重视商业，不鼓励抬升商业在国民经济中的地位，所征商税在财政中所占比重一直较小。

但需要看到的是，尽管统治者不重视商业，但随着农业经济的积累，明清工商业却较前代有很大发展。长途贩运、金融汇兑等业务在明清两代十分繁荣。太平天国时期，由于军费开支庞大，清朝统治者决定加征商税，称之为“厘金”（实即一种值百抽一的商业税，百分之一为一厘故称厘金）。这项制度为明朝所没有，可能是受洋人税务制度启发吧。1853年厘金制度率先在战火频仍的江南实行，主要为江南清军筹措军费。之后厘金制度通行全国，达到“无处不卡，无货不税” 的程度。税率也从起初的1%，增加到5%-10%之间。至光绪十三年，厘金收入已有一千六百余万两之巨。

另外，由于闭关锁国政策被打破，洋货大量涌入中国，加之清朝采用了英国关税管理制度，海关收入大幅增加。1861年，清朝海关收入大约为490余万两，十年后又超过一千万两大关。

厘金和关税，成为清廷维持财政运转的两项重要收入。大约在光绪中叶，已经与田赋持平，达到3000余万两，清末更是爆炸性膨胀到7000余万两。

湘军、淮军自己也可以征收厘金，也可以经商。徽商就曾经替淮军的盐务、粮食等方面的商业活动。