灵魂不会消失。

首先我们先了解一下海楼石的作用，海楼石是一种稀有矿石，是大海孕育出来的。本质和大海一样，海楼石最大的最用就是它可以克制恶魔果实。在《海贼王》世界里海楼石大多数用来制造手铐，监狱，武器好对付吃了恶魔果实的能力者们。海楼石只是起到大海的作用，能力者被海楼石锁住就如同掉入深海中一样，无法使出力气更不能使出恶魔果实的能力，但并不代表果实所带来一切效应消失了，果实所表现出来的效果还是存在的。

对付恶魔果实的方法

熟悉《海贼王》的都知道对付恶魔果实能力者，尤其是自然系的能力者，他们没有实体可以把身体元素化，这样物理攻击对这些自然系能力者就没有一丝作用。这就是自然系恶魔果实被称为三系（其余两系是超人，动物）最强的原因之一。

想要对付这类的恶魔果实能力者只能用武装色霸气，大海还有就是海楼石。这三种方法海楼石是最有用最实效的。武装色霸气能打到能力者是因为霸气固定了能力者的元素化这项技能，使其本体漏出来，这样直接对本体造成伤害，唯一不足的是你必须绝对的实力压制，不然你的霸气无法找到能力者的实体，更别说击败对手了，霸气也是有强弱之分的。

水就不不用多做说明了，这个太靠地理条件了。你不可能随时随地造个大海出来和能力者对打吧？所以水不能直接用作武器。而拥有大海本质的海楼石就非常完美了。它可以随身携带，可以用来制造武器，海楼石子弹，海楼石发射网，也可以用作制造剑的材料，任何一个能力者都不敢无视海楼石做的子弹，谁敢跟它对刚。

误解说明

海楼石锁住能力者起到的效果只是让恶魔果实的能力无法让能力者使用出来，对那些已经被恶魔果实所制作出来的东西是无法封印消失的。列如MR3的蜡烛果实，他制作的蜡。即使mr3被海楼石扣住，他制造出来的蜡依然在那存在不会因为能力被封印蜡消失不见。

海楼石对能力者的作用只是暂时的让恶魔果实能力无法使用出来，也只是暂时夺走能力。并不能使果实所带来的一切消失掉。