不会消失。

必须承认，题主关于海楼石的作用的描述，是很恰当的。即海楼石可以封印果实能力，此外，还能使能力者出现无力的症状。

但是，关于海楼石对果实能力产物的影响，漫画里还没给出准确的说明。

某不才，做以下推测。当然这些猜测仅限于漫画，和剧场版无关。

海楼石或者海水，针对的都是果实能力本身，不是果实能力的产物。海楼石对觉醒的果实能力无效。明哥的鸟笼是果实能力的产物，但是，鸟笼再遇到海楼石时，鸟笼依然可以缩小。大妈作为四皇级别的人物，其能力应该觉醒得更早。

万国的灵魂，主要有两类。一类是大妈从别人那里提速的。一类是大妈自己的灵魂也就是“霍米兹”。我们可以看到，前者被大妈吃掉，活着变成“霍米兹”，后者往往成为大妈的武器，比如宙斯，普罗米修斯等。

关键的问题来了，前者的灵魂是别人的。漫画里并没说，灵魂还能被动或者回去。后者的灵魂是大妈自己的，其行动完全有自己的意识，甚至有时会和大妈的意识背道而驰，比如那个被娜美拐跑的贪吃的宙斯。刚才说了，海楼石对能力的产物没有任何作用，更何况对完全对立的个体呢。

总之，大妈的生死，对万国的灵魂没有影响，因为大妈和那些灵魂是完全独立的。