山本五十六在珍珠港大获全胜之后，在日本的地位迅速向乃木希典、东乡平八郎看齐。山本五十六战死之后，他在日本的影响力也是非常高的，二战后期，日本为了提高士兵的作战斗志，日本政府对于并未公布山本五十六死讯，而是继续把他当成神宣扬。
而且电影虎虎虎、山本五十六中，山本五十六的形象也是无比高大上，这些电影播出后对当时日本的观众影响极大。山本五十六是驻美武官出身，他非常清楚日本的国力和美国不是一个等量级，所以当初山本五十六反对偷袭珍珠港。但是，当时日本整个国家都处于战争疯狂之中，日本偷袭珍珠港势在必行，山本五十六也被裹挟登场。
山本五十六对整个战争走势的判断也是非常准确，日本偷袭珍珠港之后美国并没有立即对日本开展，而是过了一段时间才宣布。
山本五十六极为重视日本海军航空兵的发展，在二战中山本五十六的思想还是比较前卫的。日本开战前的战略就是快速占优，取得谈判的优势，这个战略并没有问题。在当时二战大环境下，日本偷袭珍珠港就是为了消灭太平洋舰队，谋求战略上的优势。日本发动中途岛海战，主要是为了保护东京不被轰炸，需要减少美国海军对日本本土的威胁，以此稳定军心，彻底消灭美国太平洋舰队。在当时二战中，从海军力量上来看，日本确实占有优势的，胜算比较大，日本出动联合舰队的核心力量攻击中途岛，逼美国太平洋舰队决战，山本五十六不算是赌徒。但是因为日本的国力无法和美国相比，山本五十六每次都会带上日本半个海军家底和美国海军决战，赢了还好，输了就接近破产。
日本在太平洋战争中开始走下坡路的节点是中途岛海战，是由于山本五十六甚至整个日军一贯对情报的轻视造成的。日本的情报密码被破译，作战计划完全暴露，而山本五十六还一直蒙在鼓里；在和美军交战时弄不清楚应该去炸机场还是航母，轰炸机是挂鱼雷还是挂炸弹换来换去，直接导致了中途岛战役的失败。在用人上，山本对南云忠一和黑岛龟人过于信任，以致于中途岛海战失败的很大原因就败在两人指挥不利上。