明朝十六位皇帝，有三位没有葬在北京的十三陵：朱元璋，朱允炆，朱祁钰。

朱元璋

朱元璋，开国皇帝，庙号明太祖，年号洪武，在位时间1368—1398。朱元璋之所以没有葬在北京，最主要的原因是当时明朝的国都是南京而不是北京，所以最后朱元璋的墓地是南京的孝陵。

朱允炆

朱允炆，明朝第二位皇帝，庙号明惠宗，年号建文，在位时间1398—1402（总共4年）。

首先朱允炆比较悲惨的是皇位被朱棣抢走了，自己下落不明，自然不会葬入北京的十三陵，而且朱允炆也是明朝皇帝中唯一一个墓地不知道在哪里的皇帝。

朱祁钰

朱祁钰，明朝第七位皇帝，庙号明代宗，年号景泰，在位时间1449—1457（总共8年）。

朱祁钰是在哥哥朱祁镇兵败土木堡被俘之后，被当时的大臣们推上皇位的，在赢得了北京保卫战之后，朱祁钰的威望大涨，在之后迎回了朱祁镇，将朱祁镇圈禁在了南宫，按说朱祁钰由于北京保卫战的功绩，皇位已经逐渐稳固，但是朱祁钰本身有一个很大的问题就是朱祁钰自己的儿子早夭，没有了继承人。就这样，在朱祁钰病重之时，朱祁镇联络石亨等人一起发动了夺门之变，废朱祁钰为郕王，将其软禁到西内永安宫，在不久之后朱祁钰病死。为了宣扬自己皇位的正统性，朱祁镇下诏指斥朱祁钰“不孝、不悌、不仁、不义，秽德彰闻，神人共愤”。并废其帝号，赐谥号为“戾”，称“郕戾王”。按亲王礼葬在北京西山。

综上就是没有葬在北京十三陵的三位明朝皇帝。