一、开国皇帝明太祖朱元璋，死后葬于南京明孝陵，明朝国都开始定于金陵（南京），所以朱元璋死后即葬于此。

二、明朝第二个皇帝，建文帝朱允炆，靖难之役中失踪，有说法他远渡重洋，藏匿于西洋，也有说法他被朱棣秘密处决，总之“死无葬身之地”，其陵墓未知。

三、土木堡之变后，明英宗朱祁镇被瓦剌掳走，其弟景泰帝朱祁钰登基。瓦剌也先见明朝对朱祁镇的北掳熟视无睹，根本不管他的死活，只好又放归他。朱祁镇回到北京被软禁，在夺门之变后重新坐上了龙椅，他肯定不会给朱祁钰好脸色看。朱祁钰死后，也不许他按皇帝礼制下葬，更不许他葬于今天的明十三陵，也就是北京昌平的天寿山麓，而是他葬于北京西山，赐谥号“戾”。

以上，朱元璋、朱允炆、朱祁钰，即是未葬在明十三陵的三个皇帝。