因为杀死挚友，佐助开启万花筒写轮眼，木叶因为人柱力的死不得不将佐助定性为通缉犯，九尾三年后复活成为野生状态。佐助在大蛇丸那里更轻松的反杀了大蛇丸，在与鼬的最终决战中，两人都开启了须佐能乎，佐鼬之战变成高达之战，最终鼬瞳力消耗过大输掉须佐大战，但是用止水的别天神临死改变了佐助的意志，让他守护木叶。

带土告知了佐助灭族之夜部分真相，止水的瞳术与佐助的仇恨在佐助的脑中互相冲击，佐助痛苦不堪，决定去木叶找团藏问问真相。带土与佩恩配合收服了野生九尾。

团藏见到佐助，直接对佐助用了别天神，然而因为佐助已经被用过一次，负负得正，别天神反到解除了……万花筒佐助大杀特杀，团藏卒。带土赶来带走了即将被木叶忍者围攻的佐助，佐助要求移植鼬的眼睛。

干柿鬼鲛抓捕八尾失败，云影村召开五影大会，带土在会上对五大国宣战，药师兜携秽土大军参加，一切照旧。

移植完眼睛的佐助去毁灭木叶，路上遇到了被药师兜控制的秽土鼬，不满哥哥成为傀儡，佐助扭头回去杀了药师兜，但是秽土转生没有解除，只是被秽土者脱离控制了。鼬表示要阻止带土，佐助不解，两人决定一起复活大蛇丸，秽土四位火影，探讨忍者存在的意义。

四代复活后听闻儿子被杀，不禁潸然泪下，试图杀死佐助为子报仇，鼬上前阻止，上演秽土四代大战秽土鼬……其他火影看戏喝茶不对是阻止两人。

最终佐助决定追寻哥哥的道路，守护木叶。几人赶往战场，战场上因为比原片少了一个强大战斗力，死伤惨重的多。奇拉比被击败，查克拉别抢走，十尾成型。带土与秽土斑横扫忍者联军，直到佐助，秽土鼬与四位火影赶来。

双方大战，秽土斑对秽土初代，二三四代火影与秽土鼬加佐助对带土，带土提前吸收十尾成为十尾人柱力。在佐助的配合下，鼬成功对带土使用了伊邪那美，带土不变回那个五好青年就醒不过来，然后对带土使用月读，让他从体内放出九只尾兽……

黑绝冒出，附身带土，操控他的身体使用轮回天生复活斑，斑爷重新收集尾兽，成为十尾人柱力，还捅了佐助一刀……

这时，带土拜托伊邪那美清醒了，重新成为了那个五好青年，夺回身体控制权，再次发动轮回天生复活了佐助，自己光荣牺牲，死前将瞳力与残存的六道之力托付给卡卡西。

最后，轮回眼佐助，与双神威卡卡西以及瞎了一只眼的鼬三人对抗斑以及后面的辉夜，后世人称之为写轮眼与轮回眼大战……

最后鸣人早死了，没有第二次终结之谷了。佐助先斩五影后囚禁尾兽，成为绝对的独裁者，可喜可贺.