首先不排除作者所说的这个可能，下面我们就来简单分析一下。

毛利小五郎虽然看上去头脑简单，四肢发达。但真要是认真起来可是连柯南都要佩服的不行。但难道小五郎就从来都没有怀疑过吗？毛利曾经也是日本警局非常优秀的警察，当时他和目暮警官还是同事，能当上警察的人都有着一定实力、脑力。在加上她还娶了一位非常漂亮优秀的律师老婆，妃英理不但长相出众，除了不会做饭之外，其她还真找不出半点毛病，你真的会觉得这么优秀的女强人会嫁给一个一无是处废材么。

有两种可能：第一，或许他一直都知道柯南就是新一，但他知道以新一这么聪明的人一定是遇到了什么棘手麻烦的事情才会变成小孩子躲在自己家，不告诉如何人是因为事关重大，怕会牵连其他人。但一个长辈的直觉他也一定会保护小兰的，正所谓看透不说透，这何尝不是一种大智慧呢！

第二种可能就是他从头到尾都不知道，也不关心。一切的一切都是自己的侦探能力，这个想法也很符合小五郎的人设。这也只不过是一种猜想，具体内容如何，就看我们作者大佬的意思了。

不过要是小五郎真的一直都知道柯南的身份而没有戳穿他，估计是为了小兰，虽然嘴上不说但作为父亲，小五郎一直都知道小兰对新一的爱，或许小五郎也是已经认可了这个默默守护小兰的人。