明朝十六位皇帝，没有葬在北京十三陵的是明太祖朱元璋，建文皇帝朱允炆，和明代宗朱祁钰。

之所以他们三位没有埋在北京十三陵，是有原因的：

朱元璋在位时，明朝首都在南京，北京啥都没有来，所以朱元璋病逝后，就直接葬在了南京明孝陵了。

朱允炆是由于，朱棣发动了靖难之役，朱允炆失踪了，所以没有陵墓。

朱祁钰是个倒霉脸，明朝土木堡之变，哥哥被俘虏了，硬被大臣拉上来做皇帝，后来哥哥回来了，结果还没斗过哥哥，死后，被哥哥废除了皇帝号，当然无法埋葬在北京十三陵了，最后以亲王礼葬在北京西山。

所以，北京的明皇陵，只有十三陵。