中国历史上，发生过儒教与佛教的思想意识之战，其结果是唐肃宗代表的儒教“灭佛运动”的全面胜利，只不过这时的儒教，属于“半截儒教”，也就是通常所说的“截教”，通天教主寓意的孔子，担任辅佐唐肃宗的儒教体系，击败了佛教希望达成的政教合一目标。

儒教的祭司阶层传统道家与新锐道家（法家）的正统之争，秦始皇作为法家的代表人物则覆灭了儒教，这就是历史上著名的“焚（道）书坑儒（教）”，这也覆灭了儒教政教合一的目标体系。

刘邦取得“楚汉争霸”的胜果后，道家率领原始的儒教徒卷土重来，意图建立新的道教政教合一的政权体系，结果遇上了雄才大略的汉武帝，将道家力量驱赶出朝堂，使其走入民间，在其思想发源地四川巴地，建立了道教，政教合一的努力也化为泡影。

归根结底，中国人是无神论者的大本营，儒道佛三家都是为了使人们心里好受些建立的安慰地点，是无神论者的形式上的宗教，与世俗社会本身存在重合关系，所以政教合一的目标，都是无法实现的。