一个人在户籍系统里有两个户口，被清理出来了，属于重复户籍，按规定必须要注销掉一个。对于题主的问题，建议从以下方面进行处理：

一是要搞清楚哪一个户籍登记的信息是真实准确的，尽量保留准确的，因为真实准确的信息是最经得起考验的，造成遗留的问题机率也会最少；

二是看哪个户籍信息使用的途径更多，比如办理银行卡、毕业证、各种职业技能证书，可以选择保留使用更多的，因为户籍注销后，依托此户口信息办理的各种证照卡都要重新办理一次，太多的话，就很麻烦；

三是如果实在非常想回老家发展，可以保留老家的户口，农村户口现在也不错，有一些有利的政策。

户籍信息重复，必须抓紧处理，特别是派出所已经通知了，证明信息已经被比核实对出来。在具体办理上，每个地方的规定不太一致，大致是：个人提出户籍注销申请，由派出所进行核实，然后选择保留的户籍，派出所根据申请和选择，在核查属实的基础上进行注销操作，然后出具注销的相关手续，凭手续到各需要换证照卡的单位进行换发工作。