食品微生物检验的流程一般分为样品采集、处理、培养、鉴定和计数五个步骤。
1. 样品采集
样品采集应根据不同的食品性质和微生物的生长特性选择不同的方法和采样地点。一般采样前应洗手、戴手套、消毒工具和操作台面，避免污染样品。
2. 样品处理
样品处理的目的是去除携带在食品上的干扰物，如大肠杆菌、黄色葡萄球菌、真菌等，使其在培养过程中对微生物的生长不产生干扰。
常见的样品处理方法包括水样品检测的过滤、食品样品的制备等。
3. 培养
培养是将处理好的样品接种在营养基上，培养在适宜条件下，生长并扩增目标微生物，同时筛选出有利于生长的微生物。
常用的营养基包括大肠杆菌营养琼脂、普通营养琼脂、马铃薯葡萄糖琼脂、高盐度琼脂、厌氧琼脂等。
4. 鉴定
鉴定是分离培养出的微生物，并通过染色、形态、生理生化特性、分子生物学技术等鉴定方法确定其物种、属、种、亚种等分类学信息，进一步判断是否存在食品卫生问题。
常用的鉴定方法包括形态学鉴定、生理生化试验、干细胞法鉴定、蛋白质质谱法等。
5. 计数
计数是将培养好的微生物通过不同的方法统计其数量，如集落数、感染量法和滴定法等。
其中，集落数是将细菌涂抹在琼脂块上，计算菌落数量，感染量法则是将脉冲放大的菌种感染在指定细胞中，以此为标准确定细菌含量，而滴定法则是用不同时期的培养物逐渐稀释千倍直到能够看到单个菌体，以计算初始细菌密度。
总体而言，食品微生物检验的流程包括样品采集、处理、培养、鉴定和计数五个步骤，每个步骤都有其严格的操作规程、标准和监控方法，以保障检测结果的准确性和可靠性。