1. 原材料的检查：原材料是保健食品的基础，其质量直接影响到保健食品的安全性和有效性。因此，保健食品体系检查应该对原材料进行严格检查。主要包括检查原材料的质量、来源、生产流程、储存条件等。
2. 生产工艺的检查：保健食品的生产工艺对产品的质量、安全性和有效性都有很大的影响。因此，在保健食品体系检查中，应对生产工艺进行细致的检查。主要包括检查生产工艺的可靠性、合理性、卫生条件等。
3. 产品质量的检查：保健食品的质量是检验保健食品有效性和安全性的重要标准。因此，在保健食品体系检查中，应对产品质量进行严格的检查。主要包括检查产品规格、成份、含量、标签、包装等。
4. 包装标识的检查：保健食品的包装和标识是保障消费者权益的重要手段。在保健食品体系检查中，应对包装和标识进行检查，确保其符合相关法规标准，不会误导消费者，不会对人体健康造成危害。
5. 生产企业的检查：保健食品的生产企业对产品的安全性和有效性具有决定性的影响。在保健食品体系检查中，应对生产企业进行严格检查，主要包括检查企业的资质、生产管理、质量控制等。
综上所述，保健食品体系检查的主要内容包括原材料的检查、生产工艺的检查、产品质量的检查、包装标识的检查和生产企业的检查。只有通过对这些方面进行细致、严格的检查，才能确保保健食品的安全性和有效性。