蛋白质分子量（molecular weight, MW）是指蛋白质分子所含有的氨基酸数目和化学结构共同决定的量。 因为蛋白质分子量是蛋白质结构和功能的基础，所以精确测定蛋白质分子量对于蛋白质科学研究具有重要意义。
目前常用的测定蛋白质分子量的方法主要有三种：1）比色法；2）电泳法；3）质谱法。
一、比色法
比色法是测定蛋白分子量的早期方法之一，基本原理是根据蛋白质分子内部各种化学键的特定光学吸收峰，在一定条件下使其达到最大吸收峰并计算出分子质量。比色法的主要优点是操作简便、经济实惠、使用范围广泛，但其分辨能力有限，需要一定数量的样品和高纯度样品，因此也易受到溶剂和其他成分的干扰。
二、电泳法
电泳法是根据蛋白质分子在磷酸盐缓冲液中移动的速率大小，根据分子量大小进行分离的方法。常见的电泳方法有SDS-PAGE、体积排除层析法、等电聚焦、等温点电泳等。其中 SDS-PAGE 是最常用的蛋白质分子量测定方法之一。其基本原理是在加入 SDS 的缓冲液中，蛋白质分子被均匀地包覆成相同的负性电荷，然后通过电泳进行分离，使用标准品测定样品蛋白质分子的相对分子质量。优点是分辨能力强，结果可靠，但其缺点也很明显，如需要较长的电泳时间和复杂的条件优化以获得高分辨率，不能用于不易加 SDS 的蛋白质分子量测定。
三、质谱法
质谱法是一种测定蛋白质分子量的高灵敏度和高分辨率的分析方法。质谱法测定分子量的原理是将蛋白质分子化成带有正电荷或负电荷的离子，并通过质谱仪测量带电离子的质量-荷比（m/z）然后被计算出其相对分子质量。质谱法的优点是高灵敏度和高分辨率，能够处理复杂标本，能够测定在 SDS-PAGE 无法分离的小的和大的蛋白质分子，提高了能够得到相对精确的蛋白质分子量的概率。但其缺点是需要专业的设备和技术人员，相对成本较高。
综上所述，测定蛋白质分子量具有多种不同的方法，每种方法都有其独特的优势和局限性。 选择合适风格的方法应根据实验样品的性质、准确性及分辨率要求、设备条件和经济实惠等综合考虑。