蛋白质分子量是描述蛋白质化学性质的一个重要指标，也是研究蛋白质结构和功能的基础。目前常用的蛋白质分子量测定方法包括SDS-PAGE、凝胶过滤层析、分子筛层析、天平离子化能谱（MALDI-TOF-MS）、电喷雾离子化飞行时间质谱（ESI-TOF-MS）和光散射法等。下面将对这些方法进行比较。
1.SDS-PAGE：SDS-PAGE是一种非常经典的蛋白质分子量测定方法。该方法基于电泳原理，蛋白质样品在含有SDS和还原剂的缓冲液中进行电泳，使蛋白质样品在凝胶上分离出带电的带状。SDS-PAGE的优点是操作简单，检测范围较广，适用于大部分蛋白质。但是由于其对蛋白质的性质有一定限制，不适用于大分子蛋白质和非均质组合物的分析。
2.凝胶过滤层析：凝胶过滤层析是一种基于分子大小分离原理的方法。将蛋白质样品通过合适的孔径的凝胶共硫化层析柱，通过分子大小的筛选，蛋白质样品被分为不同的分子量区间。凝胶过滤层析适用于分析中等分子量蛋白质。但是缺点是需要凝胶制备和大量溶液的使用，步骤比较繁琐。
3.分子筛层析：分子筛层析是一种利用具有不同孔径的凝胶或软质纤维材料分离蛋白质分子量的方法。分子筛层析可以精确测定蛋白质的分子量，同时还能够分离出不同分子量的蛋白质样品，使得检测结果更加准确。但是分子筛层析操作复杂，需要高质量的分离媒介，相对成本较高。
4.MALDI-TOF-MS：MALDI-TOF-MS是一种分析生物分子分子量、分子结构和代谢产物的表征技术。该技术通过将带有特定基团的小分子与蛋白质样品的反应，生成一种“分子容器”，然后利用激光对其进行气相离子化，加速并聚焦后，通过一个时间差离子飞行室进行质量/电荷比为m/z的离子的等速飞行，然后通过多极子质量分析器进行分析。MALDI-TOF-MS能够快速、高效、高通量地分析蛋白质和多肽样品的分子量和序列，但需要对样品的纯度、温度和缓冲溶液的影响进行优化。
5.ESI-TOF-MS： ESI-TOF-MS是一种电喷雾离子化飞行时间质谱分析技术。该技术利用高压等离子体来产生液态或气态样品离子束，然后将离子束引入TOF离子飞行时间质谱仪中，通过离子的离散、转换和侦测来确定样品的质荷比。ESI-TOF-MS测定蛋白质分子量的优点是非常高的灵敏度。该技术还可以测定蛋白质的组成和序列，并确定蛋白质的修饰情况和其他化学特性。
6.光散射法：光散射法是一种直接观测蛋白质分子量的方法。该方法通过光学系统进行测定，利用非弹性散射光子的能量损失来测定蛋白质的分子量。光散射法具有操作简便、实验缩短、分辨率高等优点，同时还能够同时测定高浓度蛋白质样品。光散射法的缺点是需要专业的设备和对样品的浓度、温度和缓冲液的浓度等参数进行严格的控制。
综上所述，不同的蛋白质分子量测定方法各具有自身的优缺点，在应用中应当进行合理选择，以获得准确的结果。