1.省级食品检测机构：由省级政府直接管理，主要承担对全省食品企业的抽样检验、风险监测、紧急事件应急处理等工作。目前，云南省食品药品检验研究院（以下简称药检院）是云南省唯一的省级食品检测机构。
2.市县级食品检测机构：由市县级政府统一管理，主要承担本地区内食品企业的抽样检测、风险监测、行政执法等工作。目前，云南省各地市县的食品检测机构数量不一，例如昆明市就设有昆明市食品药品检测中心、昆明市市场监督管理局食品药品检验所等。
3.第三方检测机构：由社会组织或企事业单位自愿设立，主要进行食品安全与质量的试验、检测、鉴定、认证等服务。目前，云南省境内有一些知名的第三方食品检测机构，例如云南麦吉隆食品检测有限公司、云南南岳实验室等。
除以上三个主要的食品检测机构外，云南省还设立了一些特殊的食品检测机构，如农产品质量监测机构、轻工产品质量监测机构、草饲品质量监测机构等，这些机构旨在加强对特定领域食品的监测、鉴定和评价。
总体来说，云南省食品检测机构数量较少，但在不断发展壮大，未来将在食品安全领域发挥更加积极的作用。